西暦1999年。未知の巨大生物が夜行町を中心に出現していた。夜間にしか現れないそれを「夜の怪獣」と呼び、狩ることに特化した集団・猟師(ハンター)。その一員である青年・夜河棘(よるかわいばら)は本部への帰宅途中に巨大な蛇のような姿の怪獣に襲われるが……。