過去に人食いのバケモノに家族と右腕を奪われた高校生、御手洗錬。復讐のためにバケモノの手がかりを探すが、全く見つからない。そんな中、妹に似ているクリスから、バケモノの正体が人造生命体のホムンクルスだと知り、錬は錬金術師の世界へと足を踏み入れる。