ボクはベッドに寝かされていた。ところが、自分のことを思い出せない。記憶喪失の状態なのだ。ベッドの横に、知らない女の人・綾乃さんという人がいたが、見覚えがない。そして、なぜか『白都神社』に行きたくなって病室を抜け出したボクは、神社の奥宮で「待っていたぞよ。」という謎の声を聴く。回復して学校に行けるようになって、日本史の先生の『大化の改新』の授業に、なぜか不信感を持ったボクは、先生に反抗的なことを言ってしまう。原因は、ボクの身体に住みついていた父の亡霊による反抗の弁だった。『大化の改新』の教育に対して父の亡霊は意見があるようだった。父が死んだ理由もそのあたりにあるようだ。そして、母までが行方不明となった。『大化の改新』のころの史実については、聖徳太子が編纂したとされる『国記』という歴史書にも記されているようだ。しかし、『国記』の所在は不明とされたままだった。『国記』は、蘇我氏が滅亡するときに自ら焼き捨てたとされているが、『国記』に書かれているだろう蘇我氏側から見た史実を、蘇我氏は後世に残そうとしたはずだ。自ら火をつけて廃棄するとは考えにくい。だから、『国記』は中大兄皇子が焚書処分にした可能性がある。なぜか？『国記』には中大兄皇子らには不都合なことが書かれていたからではないか。「不都合なこととは何だろう。『国記』の写本でも発見でもされれば、日本の古代史は全面的に書き換えられることになるのではないか。」父は、そのように考えていたのだ。父が『国記』を出版するために、その原本があるという盛岡のお寺に行ってから、父は所在不明となった。その真相を突き止めるために綾乃さんと行動するうちに、ボクと綾乃さんまで事件に巻き込まれてしまう。そして、西暦六四五年の『乙巳の変』をめぐる歴史に関わる真相を知って、ボクは驚愕するが、そのとき、ボクの周りに不穏な動きが迫っていて、ボクと綾乃さんの運命に陰りが出るのだった。