主人公の「ぼく」こと楠木は、サイエンス好きの小学五年生。行きつけの科学館の職員である望月さんや、大学教授である父の影響で、将来は科学者になることを夢見ていた。彼は近所の「裏山」の中で見つけた小さな廃屋を占拠して秘密基地とし、ラボと名付けたその秘密基地で毎日のように科学実験や自由研究に明け暮れていた。 　楠木はあるとき、裏山の中で猫の形をした不思議な生物に出会う。その生物はあらゆる形に身体を変形させる「擬態」の能力と、吸い込んだものを任意の場所に転送するという「ワープ」の能力をあわせ持つ、謎の生命体だった。ひょんなことからその生物と友達になった楠木は、その生物にミミックと名付け、ミミックの持つ不思議な能力について少しずつ調べ始める。 　一方、楠木が通っている小学校では、近所の住人が突然失踪してしまうという「神隠し事件」が話題になっていた。彼の通う小学校の児童もその被害に遭っているらしく、警察官の父を持つ武田くんが、犯人を捕まえてやろうと張り切っていた。最初こそ無関心な楠木だったが、ひそかに思いを寄せていた家庭教師の塩谷さんがその事件に巻き込まれてしまったことをきっかけに、クラスメイトの武田くん、彦坂くん、花咲さんらとともに事件の捜査をすることになる。