夕暮れの教室で、主人公はクラスメートの陽菜の背中に青く輝くコードが浮かぶのを目撃する。それは陽菜自身にも不可解な現象であり、彼女は夢の中で記号や数字、他人の記憶の断片を見るようになっていた。陽菜はやがて自分が「記憶修復者」として、デジタル世界から現実世界に送り込まれた存在であることを思い出す。記憶世界では人々の記憶データが壊れ、彼女の任務はそれを修復することだった。しかし任務への抵抗感が強まる中、主人公にも同じ能力が芽生え始め、二人は意識を共有しながら記憶世界へと導かれる。 　白い部屋には多くの人々が眠っており、二人は協力して次々に記憶を修復していく。しかしシステム中核の記憶を修復する段階で、現実世界と記憶世界の同期が大きな危機を招くことに気づく。二つの世界を統合するため、新たなコードを書き上げた時、世界は大きく変化し、やがて二人は現実世界の教室に戻る。そこでは全ての人の背中に美しいコードが浮かび、記憶世界と現実世界は統合されていた。 　二つの世界の住人となった主人公と陽菜は、普通の日常を歩みながらも、お互いの存在と修復された記憶、そして希望を手に新しい冒険へと歩き出す。