青凪島に住む海月と櫂は、古びた手記に書かれた「水底のアルカディア」という伝説の楽園に惹かれる。満月の夜、三つの岩が並ぶ時、海の底への道が開かれるという記述を頼りに、二人は禁断の海域へ。そこで古代の遺跡を発見するが、同時に巨大な影と謎の石版に遭遇する。伝説と現実が交錯する中、二人は海の底に眠る秘密を解き明かそうとする。