地上世界への復讐を目論むゼルヴァンス・ゴートが地上殲滅作戦を始動!! 大量の巨獣兵器“細菌”を率いて地下から地上へ進軍開始!! 対するココとバーツは各々のクルーを総動員し、ゴートの野望に立ち向かう!! そして地上の海賊、デッド、ハルク、ナッツ、バクチ、そして生き返ったニグも参戦し、世界を救う最終決戦に挑む!!