人類を護る夢見ヶ丘学園は学園の支配を企む悪の軍団ダークアクシズと激しい学校大戦を行っていた、しかし両軍の永きに渡る激しい戦争によって学園全体は疲弊し高度な文明は崩壊の一途を辿っていた 敗北を悟った夢見ヶ丘のイレギュラーハンターは敵の狙うヘルメス・トリス・メギストスを学園外に射出すると同時に最後の廃校に立て籠もって巨大探査戦艦【ノア】で新天地に向けての撤退戦を余儀なくされる