システムエンジニアとして心身をすり減らし、無気力な日々を送るだけの僕、斎藤海斗（さいとう かいと）。唯一の楽しみは、週に一度の定休日に、客の来ない寂れた「ふれあいミニ動物園」の隅で、一頭のカピバラと静かに過ごすことだけ。園長のおじいさんから「ゆず」と名付けられたそのカピバラは、なぜか僕の言葉を理解し、その穏やかな佇まいと温もりで、凍りついた心を少しずつ溶かしていく。

しかし、動物園は経営難から閉園の危機に瀕していた。僕にとって唯一の「聖域」を守るため、そして「ゆずさん」との時間を失わないために、僕は無気力な自分を奮い立たせる。これは、都会の片隅で、一人の青年と一頭の不思議なカピバラが紡ぐ、ほろ苦くて温かい、再生の物語。