深怪究明団――現代に起こる怪異や不可解な事件の真相を追う若きグループ。吸血鬼退治、地球外生命体の暗躍、魔術儀式の阻止……数々の事件を解決してきた彼らは、結成1周年を目前に新たな危機に直面する。2023年5月24日、メンバーの秋山が謎のメッセージを残して失踪したのだ。残された小鳥遊と夜凪は、警察庁の羽川警部補から依頼された不可解な失踪事件の捜査に乗り出すが、それは秋山が最後に追っていた事件でもあった――。