甲賀の忍者の流れを引く「蒼隼《そうしゅん》」と「夜烏《よがらす》」の戦い。 「情報は現代の手裏剣、拡散力こそ武器」これが夜烏集団の合言葉。 それに対して蒼隼の原則は、「忍者は“破壊する者”ではなく"守る者”として今を生きるべし」 主人公は甲賀は蒼隼忍者の子孫・望月疾風《もちづきはやて》。シャイな物理専攻の大学二年生。一つ年下の中林梓《なかばやしあずさ》と知り合うことになり、事件に巻き込まれてるが、彼は自分の開発したAIニンジャを使い、問題を解決していく。