これは、シンオウ地方を舞台にした物語。 主人公は、ある美形の男とアヤコという女性の間に生まれた娘・アカリ。 彼女は優しい母と、父が自分の代わりにと残して行った３人の兄達に見守られながらすくすくと成長し、やがて、１６歳になった彼女は２人の幼なじみ達と共に、博士からポケモンと図鑑をもらい、行方をくらませた父を捜すため、旅に出る事を決意する──…。