西暦１９９２年から始まった、地球外生命体フェバット帝国との戦いは、望月純平少佐がニヒト皇帝を打ち破り、西暦２００９年に終結した。 この戦いで、ニヒト皇帝を討ち、地球の希望となった望月少佐とＪカイザーは爆発し、正式に戦死が公表された。 悲しみに嘆いた地球は、彼らの犠牲の上に成り立った平和を守るため、フェバット帝国と共存の道を歩んでいた。 フェバット帝国との共存により、人々はさらなる広大な宇宙に目を留めていたが、とある事件が起きた。 一貫するとただの自然現象かと思われたが、事態解明のためまた彼ら、エンタープライズが使わされたのだった。