戦国時代の日本に、突如として異界と繋がる門が開いた。 上空の門からやってきた、「魔法」という奇術を使う漆黒の兵士たちに、名だたる戦国武将たちですら、なすすべもなく敗れ去っていく。 しかし、その魔法に唯一対抗できる「忍法」が、この国にはある。 異界からの侵略者に故郷である忍びの里を襲撃されて、全てを失ったくノ一忍者「サクラ」の復讐が始まる──。