部活動が廃部になり、ふて腐れていた少年がある日、喫茶店で少女の「幽霊」を目撃する。やがて町に自分の偽物が現れ、少年は少女の「幽霊」から侵略者アップデーターの存在を知らされる。手始めに町を、やがては人類の意識を別な何かへと「更新」しようとする敵と、奇抜な方法で戦い始める二人。