主人公、鷺森悠は合気道の道場の息子で、私立釘塚高校に通っていた。釘塚高校では連続行方不明事件が起きていて、道場の門下生の女の子も行方不明事件に巻き込まれる。それをきっかけにして悠は行方不明事件、通称神隠し事件を追いかけ始める。その最中、図書館で一心に本を読みふける先輩と邂逅し、神隠し事件に巻き込まれていく。