享保の江戸、浅草での「鬼灯の盗人」事件を解決した同心・佐々木半蔵に、新たな試練が迫る。萬屋の裏で暗躍する黒幕を追う中、謎の暗号「三つ目の鬼灯」が浮上。義賊の少女・お鈴と手を組み、半蔵は深川の闇に潜む人さらいの蔵へ挑む。鬼灯の煙と縄の技が交錯する中、暴かれる裏社会の帳簿とは？