今は静かな暮らしを送る009たちのもとへ、ある日ジャーナリストのルーシーが訪ねて来る。人類史を操る恐るべき異能者の存在――彼女の話の真偽を確かめる間もなく、彼らは新たな戦いの渦へと巻き込まれていく。