自然と文明が調和した荒廃世界を仲良く冒険する三人の若者、サクラ・アオイ・ナノハ。 ある日サクラは、探検の途中訪れたショッピングモール跡地で、とある本を見つける。 それは、この世界の真相と三人の出自につながる鍵だった。 これは、世界の秘密と友情が交錯する物語――