京都の大学に通う九条マコト（くじょうまこと）と恋人の新田ヒナ（あらたひな）は或る日、所属するオカルトサークルの仲間と、島根にあるという小さな寒村、真理弥村（まりやむら）に向かう。隠れキリシタンの末裔が暮らすというその村には百年前まで、教会に人身御供を捧げていたという伝承があるのだった。その時、教会の鐘が大きな音を立てて鳴り響く。そして二人は目撃する。彼らを待ち受ける、村の「夜」の姿を──。