最近ルカは『世界が滅んで自分一人だけになる』という夢をよく見る。そのことを不思議で電波なクラスメイトの女子ニャットに相談してみると、それは別の次元の記憶を持ち合わせる現象『ヴォイニッチ・エフェクト』だと予想される。
その後ルカはその謎の電波少女ニャットと初めて遊んだ日のことを回想する。
思い返すとすべてはあの日が始まりだった……