現代日本に密かに息づく最強の忍者の家系に生まれた、次期頭領候補の雑賀涼一。

　普段は高校生として一般人の振りをしているが涼一だったが、ある日、街でチンピラに絡まれていた美少女・聖を助けたことから、涼一は巨大な新興宗教団体、そして謎の忍者集団たちとの苛烈な戦いに巻き込まれることになる。

　現代忍者たちの超人バトル、ここに大開幕！