救世召喚システムを手に入れ、滅びゆく世界を救う能力者となった甚佐逸は数々の世界を股にかけ、救いの手を差し伸べる彼の姿を人々は「救世主」と呼んだ。 そんな甚佐が次に降り立ったのは、３年後に滅亡が定められた世界。その壊滅から救うべく、救世組織「人類文明守護協会」を設立した。組織の使命は文明を存続させることであり、世界各地から集ったスペシャリストたちも甚佐と共に滅亡に立ち向かっていく。 彼らを待ち受けるのは連続する絶望級の天災・想定外の脅威・人々からの反発――そして「滅亡」という最悪の未来。 果たして世界は本当に滅亡してしまうのか？ 人文会は、世界を滅亡から救うことができるのか？