開発局に務める仕事中毒の魔導機関技師エドガーは突然の命令で南国の辺境基地ユルシカへ左遷された。携わっていた仕事を奪われ腐っていたエドガーを待っていたのは、彼の好奇心を刺激する設備と、美人助手となる少女ステラとの出会い。そして過去の伝説的技術者グラナダの残した超技術の遺産、魔導コア月光だった。 　エドガーが、月光の再起動を試みる間、基地の地下では大型動力炉の暴走事故が発生。基地司令であるラブリスが対応に当たっていたが、爆発寸前の状態に陥る。エドガーは魔導コア月光を使い、動力炉の暴走を阻止。部隊に受け入れられることになった。 　正式にユルシカの一員となった彼の最初の仕事は、欠陥兵器の改良だった。その中でステラや他の隊員たちとの絆を深めていく。前職場で不遇な環境だった彼は優しい人々と力を発揮できる場所を得て、生き生きと覚醒していく。襲来した巨大海竜討伐で力を示したエドガーは、基地司令ラブリスにも気にいられ、この基地が、グラナダの遺産の収集・保管を目的とした部隊であることを明かされた。 　同時期、古巣である開発局で異変が起きる。エドガーの後任ベンメルの命令で新型の魔導飛空艇の開発がストップした上に爆破テロで消失。ベンメルは失踪した。彼は敵対国家ガニメデ連邦が送り込んだ隠密部隊の指揮官だった。 　部隊に戻った彼は次の標的をユルシカ基地に定める。エドガーとラブリスを拉致し、伏海艦と呼ばれる新型兵器での攻撃を始めた。ユルシカを救うためエドガーは敵艦内で独自に活動。遠隔での砲撃で伏海艦を下すことに成功し、逃亡する。 　生還したエドガーは、その途中で発見したグラナダの乗艦に残されたメッセージから技術者としての薫陶をうけ、また、元上司の軍法会議で激励の言葉を聞き、魔導機関技師としてやりたい事を再確認するのだった。