조선 최고 유학의 성전 성균관. 그곳을 움직이는 이들은 조선 땅에서 가장 낮은 자들이라 불리는 반인들. 반인이자 성균관에서 일하는 비복, 윤담미는 천한 신분이지만 언젠가 조선 최고의 세책방을 열겠다는 원대한 꿈을 품고 산다. 그러던 어느 날, 그 꿈에 심각한 위기가 닥친다. “설마 나리들께서 몰래 서학 책회를 하던 곳입니까? 우리 아버지 책방이?” 신성한 학문을 숭상하느라 문묘까지 모신 이곳, 반궁에서 유생이라는 이들이 몰래 서학책을 본 것도 모자라 책회까지 했다고? 시험만 쳤다 하면 장원, 현직 좌의정의 아들이자 훤칠한 외모는 덤. 양반가에서 탐내는 사윗감 1등, 동장의 조원후. 모든 운종가 여인들의 첫사랑이자 짝사랑, 정작 본인은 서책 말고는 관심이 없어 유학과 혼인했다는 귀공자, 서문호. 유학보다 잡과에 관심이 많고 사교성이 좋아 반촌 마당발로 통하는 막내 이하륜까지. 이른바 동재 3인방으로 통하는 이들이 벌인 사고에 뜻하지 않게 엮인 담미는 국법을 어겼다는 이유로 그들과 나란히 왕 앞에 불려간다. “성균관 유생 조원후, 서문호, 이하륜, 비복 윤담미. 너희 넷은 앞으로 관상감 특별수술관으로 일하며 내가 부여하는 임무를 수행하라!” 파격적인 벌의 내용에 놀라는 것도 잠시. 그들은 곧 지엄한 어명 뒤에 숨겨진 비밀 임무를 듣게 되는데….