【超人気ゲーム『9-nine-』を完全コミカライズ!】学園都市・白巳津川市で発生した学生の石化事件、そして放火事件。その背後には、"アーティファクト"と呼ばれる異能力を引き起こすアイテムの存在があった。白泉学園に通う新海翔と九條都は、突如現れた異世界の住人・ソフィからその危険性を知らされ、アーティファクトの回収を手伝うことになるのだが――。