少年兵リオ＝アルヴァレスは、傭兵組織《エルダ＝ユニオン》に所属する冷静沈着な戦闘のプロ。ある日、軍本部から新型機〈ヴァリアント・ネイヴ〉の試験運用任務が下される。そこで彼が出会ったのは、無口で秘密の多い少女――二ヴェルだった。