地球全土を襲った二一世紀の「大破局」から、約二〇〇年後の世界。少年エリオは世界で施行された「異常才覚者矯正法」に基づいて、大洋に浮かぶ孤島の矯正施設に収容された。無為な労働と意識の矯正を強いられる日々の中で、女性教官リネットとの出会いが、エリオを大きな真実に導いてゆく。