鵺によってアマテラスは滅せられた。これを切っ掛けに日本神話とエジプト神話の抗争は激化する。一方、草薙の剣によってアマテラスの思念と繋がったマッコイは、過去エリア51で日本神話が勢力を増していく過程の記憶を辿る事に。それは悲しみに覆われた記憶であったーー。その記憶の先はマッコイの過去とも繋がりーー？