黒うさPの国民的ボカロ曲『千本桜』の小説版シリーズが、原作者の一斗まる氏自らによる加筆修正とイラスト描き下ろしにてここに新生!!家族と花見を楽しんでいた14歳の少女・初音未來は、千本桜と呼ばれる桜の森に迷い込んで意識を失ってしまう。目を覚ました彼女がいたのは別の世界、大正一〇〇年の帝都桜京だった。やがて未來は帝都を守護する神憑特殊桜小隊に入隊し、隊長の海斗をはじめ鈴と錬、鳴子らとともに妖異・影憑と命懸けで戦うことに！