大好きな女の子が死んでしまった――という悪夢をみて起きた朝。高校の教室に入った綜士は、ある違和感を覚える。唯一の友人である一騎が、この世界から「存在が消されている」という事実にひとりだけ気付くのだ。綜士の異変を察知したのは、『時計部』なる部活を作って時空の歪みの真相を追いかける千歳先輩と、破天荒な同級生の雛美。３人はこの世界で起きているタイムリープの謎を解こうと奔走をはじめる！