Nach der erfolgreichen Eroberung des Gates kehrt Frieden unter den Menschen ein, doch die mächtigen Fähigkeiten der Espers erweisen sich als zweischneidiges Schwert für die Menschheit. Doch eine neue Chance bietet sich dem zum Tode verurteilten Esper Nr. 00 Michael. Adam, ein Soldat im Ruhestand, den die Beziehung zwischen Guides und Espers schon immer gestört hat, wird durch eine Beinverletzung in den Ruhestand gezwungen, doch er will Michael eine zweite Chance geben. So gibt er Michael einen neuen Namen, Eve, damit er sich in die menschliche Gesellschaft integrieren kann. Die beiden, die immer an der Front um ihr Leben gekämpft haben, beginnen ihre Reise in ein neues Leben.