ジオン公国のコロニー落としから半年。連邦・ジオン共に消耗戦の様相を呈する中、連邦軍の新型MS「RX-78 ガンダム」が完成する。若き操縦者アムロ・レイはガンダムで敵機エルメスと交戦中、そこに人類の進むべき道を見たのだが……。