新宿・舟町の住宅街にひっそりと佇む深夜営業の「新宿本姫図書館」。本を返す時には必ず別の本を添えなければならないという奇妙なルールがあるこの館には、人間でないものばかりが訪れる――。人間の身でありながら、訳あって本姫図書館で働くことになった末花詞織。生真面目な館長代理の牛込山伏町カイルとともに、今夜も化け猫や化け狐などの新宿妖怪を相手に奮闘するが!? 気弱な司書と新米館長代理が紡ぐ、優しいもののけ図書館物語。