マツリカとカイネの最愛の人物・ヒナギクを救うため、箱舟機関への侵入を決意する。箱舟機関は、一般人を異能使いへと変身させる異端の機関だった。異能使いのミカゲとカンナを伴い、向かった先に待つ真実とは!?