巨大生物が出没するようになった未来世界。 その巨大生物＝巨獣を殲滅する特殊部隊所属の隊員・河山翔。 さらに巨大化した巨獣に対抗するべく、人類の生み出した機動兵器＝リベルティナ。 何故、巨獣は現れるのか。何故、巨獣は破壊するのか。 生態系保全領域・バイオームで、翔たちは、人類の冒してきた過ちを、そしてこれから冒そうとしている過ちを知ることとなる。