アイアンマンとウォーマシンに訪れる絶対絶命の危機!死地となるのは東京!!スパイダーマンとともにウォーマシンを救いに東京に向かったアイアンマンが行方不明になった。その間スターク社崩壊の危機に立ち向かうべく、人工知能フライデーとメリー・ジェーンが孤軍奮闘していた。さらに、姿を現したトモエと名乗る最強の敵は何者なのか?