監禁施設からアトムを救出したチーム・フェニックス。未だ昏睡状態が続くアトムの意識に潜入し、蘇生を目指すサファイアだが、そこで見た光景こそ、100年前のロボトニア戦争で苦悩するアトムの姿だった。一方で反撃を開始したロボット同盟。アトラスやモンブランの追撃を受けるチーム・フェニックスは各所で死闘を展開し…!?