メタルウイルスによりオメガと、シャドウが倒れた。恐ろしい速度でゾンボットが増える中、ついに避難民にも感染者が現れ、ソニックたちの本拠地であるレストレーション本部は大混乱に見舞われる！一方スターラインは崇拝するＤｒ．エッグマンに不信感を抱き、ロストヘックスへ…六鬼衆の思惑も交差し、事態は最悪から超最悪へ！