宇宙世紀0078、ジオンと連邦政府間の緊張が高まる中、月面では史上初のMS同士による戦闘が始まる。敗北を喫した連邦軍は「RX-78ガンダム」の開発計画を発表し、運命の宇宙世紀0079をむかえる……。