服従したい欲求を持つSubと診断された、学年一の荒くれヤンキー・寺西菊馬。問題行動の多さから、寮長・瓜生高澄と同室になることに。しぶしぶ向かった寮室で、対峙した瞬間にヒリつく肌。突然発された命令(コマンド)に嫌でも身体は従ってしまって…今までにない感覚に戸惑う菊馬に、高澄が科したのは、素行を正すための"ふたりだけのルール"で――「守れたらご褒美、破ったらお仕置きだ」