伊甲忍者訓練所で二年目を過ごすアルス・ウォーレンは謎のスナイパーから光線で命を狙われる。それと同時に霧隠 才蔵と名乗る者から指示書が送られてきた。アルス達が指示書の指示に従って行動すると、木片を手に入れる。木片を獲得し、スナイパーに命を狙われ、アルスの命を狙う者と木片の意味を探りながら、アルスは訓練所生活を送るのだった。