空飛ぶクジラの降らせる雨がすべてを変えた世界で、少年・悠真は謎の少女・アスカと出会う。失われた日常を取り戻すため、二人は空クジラの目的を明らかにする旅に出るが、そこに待つのは地球と自然、人類の未来をめぐる壮大な秘密に触れる。彼らは、選択を迫られる運命に立ち向かうことができるのか。