巨人がすべてを支配する世界。巨人の餌と化した人類は、巨大な壁を築き、壁外への自由と引き換えに侵略を防いでいた。だが、名ばかりの平和は壁を越える大巨人の出現により崩れ、絶望の闘いが始まってしまう。


エレンの生家に眠る「巨人の謎」を求め、壁外調査に乗り出した調査兵団。その前に知性を持った「女型の巨人」が現れた。兵団壊滅の危機に陥りながらも「女型の巨人」を捕らえたエルヴィンは、女型の巨人の正体に迫る‥‥。