世界規模の気候変動や地震により人類滅亡に瀕した時、他の星からやってきた生物が荒れ果てた地球にドームを建設。選ばれた人間が暮らし始めたドーム内は安定が保たれ、それから二百年が経っていた。 十二歳のダイズはドームの指導者候補生として暮らしている。だが学ぶにつれ、仲間たちとは違う感覚が芽生え、ドームそのものに違和感を覚え始める。ドームの外への憧れと恐れ、またドームのヒエラルキーにも不信を抱き始めたダイズに何が待ち受けているのだろうか。