人体最大のブラックボックスである脳の解明が進み、感情をエネルギーへと変換する術を手に入れた人類は、その手に余る力と欲望の果てに滅亡寸前まで追いやられたが、脳以外の肉体を機械へと代替することで難を逃れた。 それから時が過ぎ、人類が脳だけの機械人形―ブレインズ―と呼ばれる時代、特別な脳を持つひとりの青年が事件に巻き込まれ、別の『世界』と別の『人類』の存在を知る。