卓越した科学技術により栄華を極めていた文明は大地の殆どが海に沈んだことで消滅し、人類は残されたわずかな陸地などで寄り添って生存していた。海底漁りの少年シラマはいつもの通り、海の底に沈む旧世代の残骸を漁る。そして偶然に気密保持された空間を発見し、そこで眠るアンドロイドの少女オトと出会った――。