UFOに誘拐されたという少女、早乙女海蕾《みらい》の聞き取り調査におもむいた上原李一朗（人狼、のちのピーチ）は、女暗殺者に命を狙われる。 　だが、その直後、突然襲撃してきた武装集団に対し、女暗殺者は海蕾を人質に取れと李一朗に命じるのだった。 　武装集団の銃撃。爆発する爆弾。 　燃え上がる高層ビルから決死の脱出を敢行し、一命をとりとめた李一朗の前に再び現れた女暗殺者は、頭部を狙撃され、いっさいの記憶を失っていた。 　二人は失われた彼女の記憶を探るうちに、「滅亡エンジン」という世界を破滅させるオーパーツの存在を知ることになる。