大学教授の牛飼怜（うしかい れい）は、ゼミ生でもある名家のお嬢様、機織綾目（はたおり あやめ）からある「からくり」の図面を見せられる。その図面は天才絡繰師「絡繰り久助」が残したものであり、彼は自身の絡繰り技術の粋を封じた、謎めいた「箱」を残したと綾目は言うのだが……？