世界中に『ゲート』が現れ始めて30年あまり。人類は人口を大きく減らしながらも『ゲート』がある生活に適応しつつある。 その背景にはを『ゲート』からの侵略者を狩る『魔法少女』の存在がある。終わりの見えない侵略者《レイダー》との戦闘。それでも少女たちは戦い続ける。なぜなら彼女たちは『魔法少女』なのだから...